番木瓜周年開花結果，所需大量和微量元素養分必須充足，所以在使用肥料時業各不相同。
據廣州市果樹所介紹，在營養生長期氮、磷、鉀的比例是5∶6∶5，生殖生長期為4∶8∶8，而臺灣推薦的比例為4∶8∶5。整地時將腐熟有機肥施入定植穴，每畝用100公斤，定植后10—15天開始薄施促生肥，以后兩個月內每隔10—15天施肥一次，以肥為主，由薄施到多施，由稀到濃。春植樹5—8月是施肥關鍵時期，早熟種一般24—26片葉就現蕾（45—50天），現蕾前后要及時施重肥，供花芽形成需要，仍以氮肥為主，適當增施磷、鉀肥。8月底前要把全年肥料的80％施下，9月份以后，主要施壯果肥，此時進入盛花著果期，增施重肥，以滿足基部果實發育和頂部開花著果的需要。6月掛果的番木瓜在6—10月每月施重肥一次，要求氮、磷、鉀含量較高，每次每株施氮磷鉀復合肥100—300克，開花前每株加施20克硼砂。8月還應加施有機肥，如漚熟的花生麩，有利于提高果實品質。為了種子發育需要的養分，應重視磷、鉀肥的施用。據廣東經驗，每公頃果園年產果45噸，則每畝要施土雜肥3000公斤、水糞4000公斤、尿素20公斤和復合肥80公斤。
在臺灣，番木瓜的施肥一般施基肥1000公斤/公頃。追肥則視實際需要，沙質地每1—1.5個月施肥一次，每次100—150克，壤土每2—3個月施一次，每次200—300克，即每株每年約1.25公斤。幼年樹采用環狀溝施，結果樹采用條溝施或畦溝撒施。印度的研究結果，建議番木瓜單株年施氮200克、五氧化二磷300克、氧化鉀600克可獲較佳產量，而果實品質以氮200克、五氧化二磷200克、氧化鉀200克較好。有機肥的年施用量，推薦為氮15克/株，折合腐熟豬糞5公斤/株，或牛欄肥4—6公斤/株。巴西推薦氮肥每年每株施343克。在哥倫比亞，番木瓜在移植后4個月內，每月施氮一次，每株分別為10、10、20和30克，隨后每兩個月一次，每次均為50克，年氮總施用量為366公斤/公頃，產量每株可達66公斤，即每公頃110噸。