山藥畸形的原因：
⑴土壤中異物影響。山藥溝中存有石塊、磚塊、砂礫、膠泥塊等硬物，填溝時未能仔細地剔除或粉碎，山藥塊莖在生長中遇到這些硬物，生長點受阻而改變生長方向，形成分杈、扁頭等多種山藥畸形。
⑵盲目施用種肥。菜農在種植山藥時，為使出苗后苗壯、生長迅速，而施用各種各樣的種肥（開溝后擺放山藥栽子前撒入溝內），但由于種肥施用過多或未能與土壤混合，擺放山藥栽子時，栽子與種肥接觸，把芽或生長點燒壞，造成塊莖分杈、多頭等山藥畸形產生。
⑶山藥溝內施用未腐熟的有機肥。山藥生育期較長，需要源源不斷的供給肥料，其正常生長發育。因此，在種植時施用肥效較長的有機肥，如重施廄肥、堆肥、人糞尿、餅肥等，這些有機肥在施入田間之前均應經過發酵、腐熟，但有部分菜農為省時省功，未能按照要求在前一年夏季或秋季把有機肥進行地發酵腐熟，而是在當年春季把剛剛從養殖場運來的動物糞或未腐熟的人糞尿等直接施入土壤中，這些未腐熟的有機肥施到田間后，必須經過發酵、腐熟這一分解過程，而發酵時產生的熱量容易傷害山藥根系和塊莖，農民俗稱“燒根”特別是塊莖，組織細胞柔嫩，是整個塊莖的生長點，碰到未腐熟的糞塊很容易被燒壞，從而使基端分生組織的汁液外滲，形成分杈或塊莖外表麻臉狀等畸形，如果山藥毛細根被燒壞，影響養分的吸收，易產生蛇形、葫蘆狀畸形等。
⑷地下害蟲危害。在山藥種植時，溝內沒有施用防治地下害蟲的藥劑，地下害蟲在生長過程中對山藥塊莖生長造成危害，如咬食、截斷生長點，使山藥塊莖不能正常生長，造成山藥畸形。