菌肥是指從自然界中采集到的活性菌種，經人工提純、復壯等技術加工而成的一種無公害新型復合生物肥。好的菌肥，如金寶貝菌肥，不僅含有大量固氮、解磷、解鉀活性菌，還含有有機質、腐殖酸和微量元素等。在施用過程中應注意以下幾點：
1.有效期：目前我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，存放時間過長，其菌種的休眠狀態可能被破壞。也有一些微生物肥料可以存放比較長，拿金寶貝微生物菌肥來說，一般來說金寶貝微生物菌肥可以正常存放2年。
2.溫度：施用菌肥的溫度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。固氮菌肥適溫度土壤的含水量是60%～70%。
3.地點：對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
4.菌數：有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買。國家規定微生物菌劑有效活菌數≥2億/克（顆粒1億/克），復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。如金寶貝微生物菌肥中活效菌數，大約4～6億/克。
5.時期：生物菌肥不是肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7~10天施用，效果。
6.混合：應注意，不要將菌肥與劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥。
7.用量：對于已多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。