在對農作物施用農藥后，引起農作物發生藥害的原因是有很多方面的。除了錯用、亂用農藥外，還有下列因素可以引起藥害。
1.藥害的產生與藥劑性質有關。任何一種農藥對農作物都有一定的生理作用，不同種類的農藥對農作物的反應有不同。無機農藥和水浴性、滲透性大的農藥，易引起作物藥害。硫磺粉、石硫合劑、硫酸銅等溶解的藥量往往超過農作物能忍受的劑量，同時，農作物對無機物的忍受劑量又很接近于的有效防治劑量。因此，稍不注意就會發生藥害。類農藥和擬除蟲菊酯等則不容易引起藥害。
2.藥害產生與作物的品種、生育期的抗藥力有關。十字花科、茄科、禾木科等作物的抗藥力較強，而豆科作物的抗藥力則較弱。瓜類葉片多皺紋，葉面氣孔較大，角質層薄，易聚集農藥，抗藥力弱。白菜對含銅劑較敏感，幼嫩植物、植物幼嫩部分以及開花期植物抗藥力弱，易產生藥害。
3.藥害的發生與所使用農藥的質量有關。使用質量不好的農藥或貯存條件差、貯存時間過長的農藥，會因藥劑變質，而引發藥害。此外，在加工和銷售中，管理不嚴、劑量不準，誤將不同藥劑混淆，也會造成大面積藥害。
4.藥害的發生與施用時的溫度、濕度、土壤等環境條件有關。高溫、強光、高濕等環境條件，會使某些農藥對某些作物產生藥害。例如：在干旱高溫條件下，西瓜噴撒硫磺粉防治病害，容易造成嚴重藥害。又如虎威氟磺胺草醚對黃豆田除草，在干旱條件下，黃豆葉片易產生藥害。禾耐斯在高濕條件下，易產生藥害。
5.藥害的發生與施用農藥不當、藥量控制不嚴、混用不當有關。例如：用內吸磷涂莖濃度超過5%，噴灑濃度超過0.2%容易發生藥害；玉米播前用氟樂靈處理土壤，會使玉來發生嚴重藥害；驃馬與蓋草能混用防除麥田雜草可造成嚴重藥害等等。