重施有機肥 多施一些腐熟好的有機肥（如雞糞）。老齡大棚，可增施一些酵素菌肥類生物有機肥。土傳病害（特別是死棵病）嚴重的大棚，應增施一些芽孢桿菌類生物有機肥。
合理選用化肥 化肥作底肥用時盡量選用單質肥料，如尿素、過磷酸鈣、硫酸鉀。追施復合肥時盡量選用含硝態氮復合肥。
合理分配基肥、追肥的比例 一般情況下，有機肥、微肥、80%的磷肥、50%的鉀肥和30%的氮肥混勻后做基肥，其余70%的氮肥、20%的磷肥和50%的鉀肥分別做追肥使用。對于部分微量元素如硼砂可葉面噴施。
辣椒屬無限生長類型，邊現蕾，邊開花，邊結果。辣椒根系不發達，根量少，入土淺，不耐旱也不耐澇，耐肥能力強，增施鉀肥有利于提高辣椒的抗病性。辣椒為吸肥量較多的蔬菜，每生產1000公斤約需氮3.5~5.4千克、五氧化二磷0.8-1.3千克、氧化鉀5.5-7.2千克。從出苗到現蕾、初花期、盛花期和成熟期吸肥量分別占總需肥量的5%、11%、34%和50%，從初花至盛花結果是辣椒營養生長和生殖生長旺盛時期，也是吸收養分和氮素多的時期，盛花至成熟期，植株的營養生長較弱，這時對磷、鉀的需要量多；成熟果采收后，為了及時促進枝葉生長發育，又需大量的氮素肥。
根據辣椒需肥規律和土壤肥力的高低，溫室辣椒施肥要重施基肥巧追肥。
每畝施入腐熟的有機肥8000千克左右，再加20-30千克的尿素、30-40千克的過磷酸鈣、20-30千克硫酸鉀、生物肥50千克、硅酸鈣肥80千克、2千克硫酸鋅、2千克硫酸銅和10-20千克硫酸鎂或硝酸鎂。老齡大棚，可增施一些酵素菌肥類生物有機肥。土傳病害（特別是死棵病）嚴重的大棚，應增施一些芽孢桿菌類生物有機肥。
追肥一般要進行4-5次。當蹲苗結束，穗果長到核桃大小或2厘米長時，進行次追肥，畝施尿素15千克，硫酸鉀8千克。當進入穗果（門椒）即將采收，第二層果實（對椒）和第三層果實（四母斗）膨大及第三層果實落花時，達到需肥高峰期，應重施第二次追肥，畝施尿素20千克，硫酸鉀10-12千克。此后半個月左右進行第三次追肥，施肥量同第二次。15~20天后，進行第四次追肥，施肥量同次。以后可根據辣（甜）椒長勢酌情追肥。
同時，在開花期葉面噴0.2%硼砂水溶液或龍燈噴效+優多硼或加拿楓硼1500倍液噴霧，可促進花器官發育，花壯，不易落花，提高坐果率。在整個生長期可多次噴0.3%-0.4%的磷酸二氫鉀溶液或龍燈噴效+佳實百+龍燈葉爽1500倍液噴霧，可以預防根系早衰，防止裂果、畸形果、臍腐，促進果實膨大和著色，提高產量，改善品質。