要想發揮生物有機復合肥的作用，必須看天、看地、看苗施用。
1、適墑施肥。在天氣長期干旱的環境下，不宜強行施用生物有機復合肥，待到雨后墑情適中時再施。適合墑情的標準是：田間土壤手捏成團、落地即散。
2、適量施肥。生物有機復合肥的有機質和其他養分含量各個企業的生產標準是不同的，施用時，既要看肥料配方的養分含量，又要看土壤的質地與肥力來確定施用量，一般每畝用量在50公斤左右，土質差、肥力低的地塊適當多用，反之酌減。
3、混合施用。生物有機復合肥有通用型和專用型，為了體現與長效，應與化肥混合施用，特別是與高含量的復合肥混配施用效果。區別不同作物還可另配施鉀、硼、鋅等肥料，效果更佳。