防治水稻爛秧的關鍵是抓育苗技術，改善環境條件，增強抗病力，必要時輔以藥劑防治。
（1）改進育秧方式因地制宜地采用旱育秧稀植技術或采用薄膜覆蓋或溫室蒸氣育秧，露地育秧應在濕潤育秧基礎上加以改進。秧田應選在背風向陽、肥力中等、排灌方便、地勢較高的平整田塊，秧畦要干耕、干做、水耥，提倡施用日本酵素菌漚制的堆肥或腐熟有機肥，改善土壤中微生物結構。
（2）精選種子，選成熟度好、純度高且干凈的種子，浸種前曬種。選擇高產、優質、抗病性強適合當地生產條件的品種是獲得高產的前提。一般推薦種植楚粳26、楚粳27、楚粳28、楚粳29、合系22—2、合系39等主要栽培品種，低熱河谷地區推薦種植雜交稻汕優、岡優等品種。
（3）抓好浸種催芽關。浸種要浸透，以胚部膨大突起，谷殼呈半透明狀，達過谷殼隱約可見月夏白和胚為準，但不能浸種過長。催芽要做到高溫（36～38℃）露白、適溫（28～32℃）催根、淋水長芽、低溫煉苗。也可施用ABT4號生根粉，使用濃度為13mg/kg，南方稻區浸種2小時，北方稻區浸種8～10小時，澇出后用清水沖芽即可，也可在移栽前3～5天，對秧苗進行噴霧，濃度同上。對水稻立枯病防效優異。
（4）提高播種質量根據品種特性，確定播期、播種量和苗齡。日均氣溫穩定通過12℃時方可播于露地育秧，均勻播種，根據天氣預報使播后有3～5個晴天，有利于谷芽轉青來調整浸種催芽時間。播種以谷陷半粒為宜，播后撒灰，保溫保濕有利于扎根豎芽。
（5）加強水肥管理。芽期以扎根立苗為主，保持畦面濕潤，不能過早上水，遇霜凍短時灌水護芽。一葉展開后可適當灌淺水，2～3葉期灌水以減小溫差，保溫防凍。寒潮來臨要灌“攔腰水”護苗，冷空氣過后轉為正常管理。采用薄膜育苗的于上午8～9時要揭膜放風，放風前先上薄皮水，防止溫濕度劇變。發現死苗的秧田每天灌一次“跑馬水”，并排出。小水勤灌，沖淡毒物。施肥要掌握基肥穩、追肥少而多次，先量少后量大，提高磷鉀比例。齊苗后施“破口”扎根肥，可用清糞水或硫酸銨摻水灑施，二葉展開后，早施“斷奶肥”。秧苗生長慢，葉色黃，遇連陰雨天，更要注意施肥。鹽堿化秧田要灌大水沖洗芽尖和畦內鹽霜，排除下滲鹽堿。
（6）藥劑防治。防治水稻旱育秧立枯病：
①新型植物生長劑～移栽靈混劑，該藥是一類含硫烷基的叉丙烯化合物，具有植物生長調節劑和劑的雙重功能，有促根、發苗、防衰和作用，能有效地防治立枯病。方法是按旱育秧常規方法整土做苗床，也可用秧盤，床土不需調酸或。把移栽靈混劑溶在要澆的適量水中，每m^2水稻苗床用1～2ml，一般每m^2加水3kg左右；采用秧盤育秧，每盤（60×30cm）用0.2～0.5ml，一般每盤加水0.5kg，使用時也可把底肥一起溶在水中，攪拌均勻。然后把上述溶有肥料和移栽靈混劑的水均勻澆在床土上，然后播上種子并蓋土。以后的管理同常規方法。如果用拋秧盤，因為土量小，用量可減半。
②用30%甲霜惡霉靈液劑，每盤用0.99對水1L噴灑，水稻秧苗一葉一心期可噴500倍液，具防病、促進生長雙重作用。
③用國內高科農藥38%惡霜菌酯600倍液噴灑，進行苗床土壤，每m^2床土用藥8～109，苗床發病初期，每m^2用藥12～15g或噴灑30%高科甲霜惡霉靈1000倍液。
④用廣滅靈水劑100～200mg/kg，浸種24～48小時或于一葉一心期噴灑500～1000倍液。對由綿腐病及水生藻類為主引起的爛秧，發現中心病株后，25%甲霜靈可濕性粉劑800～1000倍液或65%敵克、松可濕性粉劑700倍液。對立枯菌、綿腐菌混合侵染引起的爛秧，40%滅枯散可溶性粉劑（40%甲敵粉）。使用方法：一袋100g裝滅枯散，可防治40m^2或240個秧盤，預防時，可在播種前拌入床土，也可在稻苗的一葉一心期澆。時，可在發病初期澆施，先用少量清水把藥劑和成糊狀，再全部溶入110kg水中，用噴壺澆即可。此外也可噴灑30%立枯靈可濕性粉劑500～800倍液或廣滅靈水劑500～1000倍液，噴藥時應保持薄水層。也可在進水口用紗布袋裝入90%以上硫酸銅100～200g，隨水流灌入秧田。綿腐病嚴重時，秧田應換清水2～3次后再施藥。
（7）提倡采用地膜覆蓋栽培水稻新技術水稻地膜覆蓋能有效地解決低溫制約水稻發生爛秧及低產這個水稻生產上的難題，可使土壤的溫、光、水、氣重新優化組合，創造水稻良好的生育環境，解決水稻爛秧，創造高產。
（8）提倡噴灑壯豐安水稻專用型植物生長調解劑或藥肥合劑苗仆人，能有效地防治立枯病，使水稻恢復生機。