1、病毒：蘋果花葉病是由蘋果花葉病毒侵染所致。病毒粒體為圓球形。
根據(jù)交互保護反應(yīng)試驗，目前將蘋果花葉病毒區(qū)分為三具株系，即重型花葉系、輕型花葉系和沿脈變色系。引起蘋果葉片產(chǎn)生花葉病狀的毒原，除上述蘋果花葉病毒之外，還有土拉蘋果花葉病毒和李壞死斑病毒中的蘋果花葉株系。
傳染途徑和發(fā)病條件：蘋果樹感染花葉病后，便成為全株性病害，只要寄主仍然存活，病毒也一直存活并不斷繁殖。病毒主要靠嫁接傳播，無論砧木或接穗帶毒，均可形成新的病株。此外，菟絲子可以傳毒。在樹苗中可以發(fā)現(xiàn)許多花葉病苗，說明種子有可能帶毒，但目前尚無確切的試驗證明；1956年就報道蘋果蚜和木虱可以傳毒，但一直未能肯定。然而在自然條件下，該病可緩慢傳播蔓延，因此昆蟲傳毒的可能性是存在的。
2、養(yǎng)分吸收失衡
作物的選擇性吸收造成養(yǎng)分供給失衡
作物的選擇性吸收造成養(yǎng)分供給失衡（不足）：某種作物在同一土壤中連續(xù)種植。片面消耗某些營養(yǎng)元素。使土壤營養(yǎng)元素呈現(xiàn)生理性不平衡。一些元素如Fe、Mn、B、Zn不斷減少。造成作物營養(yǎng)平衡失調(diào)。導(dǎo)致缺素。通過對不同重茬年限耕層土壤中大量元素和微量元素的測定表明。隨著重茬年限的增加。土壤中氮、磷、鉀總量變化不大。
3、植物自毒現(xiàn)象
自毒現(xiàn)象是指前茬作物的殘留體在腐爛分解過程中。會產(chǎn)生一些毒素。如有機酸、醛、醇、烴類。對下茬作物有顯著的抑制作用。影響作物自身的生長。
4、根系老化，樹勢弱
樹生長的年限增長，根系老化，吸水吸肥能力弱，樹勢弱，不健康。
5、重茬現(xiàn)象
連作（重茬）造成土壤中病原菌增多
作物在同一地點長期生長，某些病原微生物如鐮刀菌殘留于土壤或植物殘體中大量繁衍，基數(shù)逐年上升。重茬栽培時，由于幼苗抵抗能力弱，易于感病。如根結(jié)線蟲在土壤中逐年成倍增加，破壞作物的根系，影響作物的生長。再如蔬菜的軟腐病、疫病，茄科的青枯病、猝倒病，瓜類的蔓枯病等病原菌菌核、休眠孢子在土壤中能生存2-6年，一般果菜類重茬2-3年、根菜3-5年都會出現(xiàn)明顯的生育不良，使作物根部腐爛、縱裂、須根不發(fā)達，影響作物正常生理代謝。