如果想提高生物肥料的使用效果，在使用時必須注意以下六點：
一是了解生物肥料的生產日期、使用量、用法等有關資料，在有效期期內施用。貯存時要避光、通風、干燥。
二是要了解微生物的作用，適用作物用及施用技術，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品種又有不同的根瘤菌肥。
三是提倡“早、近、勻”的施用技術，即施用時間要“早”，一般作基肥、種肥與苗肥施用；施入地點離作物根系要“近”；種子與苗肥要拌“勻”。
四是提倡與有機肥混施，可以提高施用效果。
五是避免陽光長時間直射，施后及時覆土。
六是不宜與化肥、劑農藥混用，以免影響肥效。