有機農業在生產過程中禁止使用化學合成的農藥，要求在種植過程中盡可能依靠綜合應用各種農作的、生物的（如：釋放寄生蜂、使用性誘劑等）和物理的（如：懸掛殺蟲燈、設置防蟲網、放置黃粘板等）措施來防治病蟲草害。尤其應優先采取選用抗病種子、用非化學方法處理種子、培育壯苗、加強栽培管理、中耕除草、秸稈覆蓋除草（在采用秸稈覆蓋除草時應注意避免常規秸稈中的化學農藥殘留對有機地塊造成污染）、深翻、覆地膜、曬田、輪作、間作、套作、合理施肥、調整播種期、合理調節水分等農作措施。
在以上方法不能有效控制病蟲害時，允許使用國標GB/T19630-2005《有機產品》附錄B-《OFDC有機認證標準》附錄B中所列出的物質。
申請認證的農場應結合當地的實際情況和傳統種植經驗，制定切實可行的病蟲草害控制規程，盡可能使用通過OFDC有機認證的植保產品，并建立相應的記錄，保留用于病蟲草害防治產品的包裝袋/標簽，以備審核。記錄中應包括為控制病、蟲、草害而施用的物質的名稱、成分、來源、使用方法和使用量。