香蕉主要病蟲害有性葉斑病，性爛莖病，根結線蟲病，果指黑星病，球莖象鼻蟲。至于束頂病、花葉心腐病目前尚無理想防治藥劑。防治方法是選擇無病毒試管苗。
1、香蕉葉斑病。香蕉葉斑病是四種葉斑總稱。發病期5～10月，病菌由土壤傳染或風雨傳播，蔓延猖镢。蕉葉染病呈褐色長條斑，橢圓斑，綠枯斑，逐葉上爬枯萎衰敗。染病香蕉慢抽蕾，果穗瘦，品質劣、抗寒力弱，嚴重減產減收。防治方法：葉斑病發病規律是4～5月份高濕高溫，葉片幼嫩病菌潛入，9～10月份北風吹來病斑一齊表現出來。蕉農誤認在8～9月份才發病，此時，噴藥治葉斑已經來不及了，應當提前在5月份正是莖葉旺盛無病斑時期就要噴藥防治。有經驗蕉農總結二句話：“無病要噴藥、有病無仙丹”。這是防治葉斑病的秘訣----以防為主。噴法，先噴灑蕉頭周圍表土，再自下而上噴灑假莖及心葉以下蕉葉正、背面。特別是暴雨過后即時噴藥防治。什么藥劑對防治葉斑病呢？目前專家還沒有論證。我認為凡是劑對葉斑病都有效果，不在價格高低，只要防治方法正確，以防為主，都有效果，例如廣西蕉農使用的硫磺懸劑代森錳鋅、多菌靈效果良好，又十分便宜。香蕉心葉，果穗對農藥十分敏感。如稻腳青、異稻瘟凈、加收米、富士一號都會對香蕉產生藥害，影響抽蕾，不能用于防治葉斑病。
2、香蕉黑星病。在香蕉抽蕾前后，葵葉及果指上產生許多小黑粒、手摸無粗糙感，不是花薊馬為害，是性黑星病，影響果外觀及價值。在抽蕾時噴多菌靈、甲霜靈等劑。注意嫩葉、果指都要噴灑，噴藥后果穗套袋。
3、香蕉根結線蟲病。侵害根部。黑根、根短肥、結腫瘤、線蟲病癥狀與束頂病相似，植株矮化、黃葉或從葉、散把、葉邊緣失綠，葉片呈波浪狀皺曲。線蟲病與束頂病區別只是束頂病葉柄有“青筋”。所以香蕉病害有真、假束頂病之說法。如何鑒別真假，一是檢查葉柄有否“青筋”；二是施殺線蟲劑、米樂爾、呋喃丹、克線磷、甲基異柳磷，每株撒施10～15克于蕉頭表土，殺死線蟲。并加強肥水管理，約15天后如有抽出新葉即是線蟲病可不必挖掉。如不能再抽新葉即是束頂病。每株灌入柴油2兩使蕉頭爛掉再挖去病株，以防傳染。
4、香蕉爛柄病。該病屬性病害，發病期5～6月或9～10月份。癥狀是葉柄腐爛，臭味，擠壓流膿汁、葉柄一片片剝落呈赤膊狀。防治方法：以“香蕉靈”澆灌葉柄及整株假莖。注意排水防浸根，增施鉀肥。
5、香蕉害蟲主要是象鼻蟲。蛀食假莖、葉柄、花軸、球莖，為害極大，也是臺風香蕉拆斷重要原因。象鼻蟲每年4～5月和9～10月是成蟲發生的兩個高峰期。在傍晚，用巴丹、乙酰甲胺磷等殺蟲劑噴灑假莖，毒殺成蟲。未抽蕾株在入冬前可用呋喃丹、米樂爾、殺蟲丹在“把頭”處投放5～10克。
香蕉還有交脈蚜、卷葉蟲、花薊馬等害蟲，可用辟蚜霧、氧化樂果、敵百蟲、馬甲磷等殺蟲、螨劑防治。在噴灑藥劑防治香蕉病蟲害時，注意加入0.1%洗衣粉作為粘著劑，特別注重均勻噴灑葉背。