雖然肥料混用能夠提高肥效，互相補充，但是以下幾種肥料卻不能夠混合使用：
1、農家肥不能與草木灰、石灰氮、石灰、鈣鎂磷肥等堿性肥料混用。因為人畜糞尿中的主要成分是氮，若與強堿性肥料混用，則會中和而失效。
2、過磷酸鈣不能與草木灰、石灰氮等堿性肥料混用，否則會降低磷的有效性。磷礦粉、骨粉等難溶性磷肥也不能與草木灰、石灰氮等堿性肥料混用，否則會使難溶性磷肥更難溶解，作物無法吸收利用。
3、鈣鎂磷肥等堿性肥料不能與銨態氮肥混施。因為堿性肥料若與銨態氮肥料如碳酸氫銨、硫酸銨、硝酸銨、氯化銨等混施，則會增加氨的揮發性，從而降低肥效。
4、未腐熟的農家肥不能與硝酸銨混施。因為未腐熟的農家肥要經過分解腐爛后才能被作物吸收利用。若與硝酸銨混施，未腐熟的農家肥在分解腐爛過程中氮素會喪失，所以不能同施，否則二者氮素都會受損，降低肥效。
5、化學肥料不能與性肥料混用。因為化學肥料有較強的腐蝕性、揮發性和吸水性，若與根瘤菌等性肥料混合施用，會殺傷或抑制活菌體使性肥料失效。