一般而言，菠菜根腐病為性病害，嚴重時會造成菠菜全株枯死，影響菠菜產量。
據了解，菠菜根腐病是一種性病害，該病害主要發生在4-6葉期至菠菜收獲前，在菠菜發病后主根和側根頂端會漸漸變成黑褐色，對于菠菜病害嚴重的會造成主根與側根腐爛脫落，外葉的菠菜出現黃化萎蔫，并逐漸隨之蔓延，導致菠菜植株大片枯死，使得菠菜的產量嚴重下滑。
為了及時的防治菠菜根腐病，應采取有效的措施進行防治。農業人員加強菠菜間的管理，及時田間的雜草；發現菠菜病株及時拔除，并將其帶離種植區域；菠菜在播種前應選用優質的抗病種強的菠菜種子進行播種；選用菠菜種子后，將種子重量0.3%的退菌特或種子重量0.1%的粉銹寧拌種，或用80%的402劑乳油2000倍液浸種5小時；插穗基部也可用同樣濃度藥液浸1小時后扦插。將苗床土壤進行，每平方米用50%多菌靈1.5克撒于地表翻入土中，或用75%五氯硝基苯3克均有良效，可以有效的防治菠菜根腐病的發生；在菠菜根腐病發病初期，及時選用藥劑病菌克1500倍液噴霧或澆灌病株；或80%的402乳油1500倍液進行菠菜灌根；同時，菠菜根腐病發病初期選用15%的惡霉靈乳劑800-1000倍液或80%山德生可濕性粉劑800倍液或72%普力克水劑700倍液噴霧，或用70%甲基硫菌靈可濕性粉劑800倍、或40%杜邦福星乳油8000倍噴淋菠菜植株根部。每隔7-10天進行噴霧1次，連續2-3次。