首先要注意
肥料養分的損失，肥料在混合過程中或混合后的貯存、施用過程中，因各種肥料的組成不同，有些肥料混合后會發生一系列化學反應，造成養分損失或養分的有效性下降。屬于此種情況的肥料相互之間不能混合。例如：銨態氮肥不能與堿性肥料如草木灰、窖灰鉀肥、石灰等混合，否則會導致氮素損失；水溶性磷肥不能與石灰、草木灰、窖灰鉀肥等堿性肥料混合，以免導致水溶性磷轉化成難溶性磷，使磷的有效性降低；硝態氮肥不能與酸性肥料如過磷酸鈣等混合，以免引起硝態氮分解逸出氧化氮，引起氮素損失。
注意肥料的性質的變化，有些肥料混合后，雖不會發生化學變化，但會導致物理性狀的改變，使混合過程和施肥過程發生困難。如兩種吸濕性較強的肥料混合后，其混合物的吸濕性更強。例如硝酸銨與尿素混合后形成的混合物，其吸濕臨界相對濕度僅18%，吸濕性大大地提高了。因此，兩者不宜混合。再如尿素與過磷酸鈣混合后，雖可延長尿素轉化為銨的時間，但過磷酸鈣中所含的結晶水會游離出來，使肥料的濕度增加，易于結塊，給施用造成困難，應隨混隨施。
要注意使用，提高肥效，肥料混合得當既可提高肥料的肥效，又可提高施肥功效，減少施肥次數。如磷肥與堆肥、廄肥等有機肥混合后，由于有機肥在發酵分解過程中產生各種有機酸，能結合鈣離子，促進磷的溶解；同時，混合后可有效地減少磷與土壤的接觸面積，降低土壤對磷的固定，提高磷肥的肥效。再如碳酸氫銨或硫酸銨與過磷酸鈣混合，也可提高肥效。