大棚蔬菜復種指數高、產量高、需肥量大。底肥對秋茬大棚蔬菜的產量、品質及土壤性狀影響很大，是施肥中基本的一個環節，對蔬菜作物生長發育至關重要。施用底肥應注意以下三個方面。
、根據蔬菜目標產量確定施肥量。確定大棚底肥施用數量，必須根據土壤肥力和蔬菜需肥量大小情況進行合理施用。一般氮肥總用量的30%、磷肥的80%、鉀肥的50%作為底肥，生物肥和微肥盡可能一次全部底施。
第二、確保有機肥用量足。有機肥適宜作底肥施用，有機肥包括農家肥、廄肥和餅肥，對土壤肥力較高的老齡大棚更應注意多施一些生物有機肥作底肥。要保持棚內土壤肥力和有機質不降低或略有升高，就必須向大棚土壤中補充有機肥料。根據大棚土壤有機質的變化規律和有機氮與無機氮之比為1：0.4～1時產量的原則進行推算，要保持大棚土壤有機質在2.0%以上以較高的產量，每年應施入有機質含量為30%的有機肥料不低于每畝2000公斤才行。如要使大棚土壤有機質含量逐年提高，每年施入的30%有機肥料總量應多余2000公斤。
第三、根據天氣及生長特點確定大棚蔬菜底肥施用方法。施用底肥時要以腐熟土雜肥、糞肥等大體積的粗制有機肥為主，每畝用量8～12立方，以增加土壤有機質和碳素物質，同時配合少量的優質生物有機肥，一般用量100～150公斤，及緩釋型硫酸鉀復合肥75～100公斤。采用控釋肥來調控底肥中氮肥的釋放速度，避免高溫發生旺長，防止根部病害。坐果后要分次隨水沖施含氮磷鉀的全元素肥料。