培育蓮藕的過程中，需要注意防范如下幾種病蟲害：
一、蓮藕褐斑病。
此病害是荷葉部經常可以看見的一種病害，在其葉上會產生許多淡褐色的病斑，造成病葉的局部干枯。
防治：科學密植，藕田通風透光；適宜的增加施用磷鉀肥，增強植株抗性，不失時機將病株殘體干凈。在發病初期使用二十五的多菌靈600倍液，或是七十五的百菌清1000倍液噴霧。
二、蓮藕黑斑病。
該病害又可稱為褐紋病，它只出現在葉片上，在嚴重時病斑會匯合，葉片呈現枯黃。
防治：在冬季田間將病殘葉給干凈并且將其集中起來燒毀。在發病初期把病葉摘除掉，并且及時噴藥防治。經常使用七十的甲基硫菌靈1000倍液，或是六十五的代森鋅600倍液，或是1：1：160-200倍波爾多液，每間隔10到15天噴施1次，共噴施2到3次。
三、荷葉枯萎病。
受危害的荷葉表現焦黃、枯萎，對蓮藕生長影響很大，造成減產。
防治：確保藕田清潔，避免油污污染藕田。污水、肥皂水也會造成荷葉枯萎死亡。蓮藕對于除草劑特別敏感，藕田堅決不能應用除草劑。
四、常見病蟲。
有蚜蟲、大蓑蛾、褐刺蛾，危害立葉與花蕾。可以使用九十的敵百蟲800到1000倍液，或是四十樂果2000倍液進行噴灑。