當前，在種植抗蟲棉存在的有以下的問題：
1、種植抗蟲雜交棉的密度是越來越稀疏，造成單產量的水平大幅度的降低，植棉效益也隨之降低；
2、施用肥料的次數太多，進行追肥的操作不合理，導致肥料的利用率非常，效益也是很低，還造成面源染；
3、盲目的使用除草劑造成棉花普遍的產生藥害，具有滅生性的除草劑草甘膦缺少解除毒性的劑。
關于上面所講述的問題，有關人員提出了抗蟲雜交棉科學栽培密度以及管理技術，開發出了緩控釋肥料的生產工藝、緩控釋材料以及棉花緩控釋肥的專用配方，建造了具有規模化的栽培棉花的專用配方緩控釋肥的生產線，并提出了合理使用棉花除草劑的技術規范以及研發出草甘膦的劑。
對于提高抗蟲雜交棉產量的技術有：
、倡導使用抗蟲雜交棉增加密度降低氮素技術。植株的行距從之前的120厘米縮窄到約100厘米左右，收獲的密度是每畝1800株到2000株；每畝的氮元素降低到20公斤，每畝增加施用氧化鉀5公斤，根據氮磷鉀的比例1∶0.4-0.5∶0.8-0.9，增加施用有機肥，測土配方進行用肥。
第二、使用專用配方緩控釋肥能夠做到肥料營養成分的釋放速率以及棉花成長所需求基本同步，一次性的施用基肥就能夠滿足正常生育期的需求，使施肥次數降低到1到2次，省工五十；相比于祥通養分的普通復合肥，肥料利用率提升到十之上；在保持相同等產量的情況下，對于單位面積施用肥料的量降低十五之上，可以降低施用肥料成本二十之上；還能夠“肥水碰頭”等文帝，有效的防止災害。
第三、規定棉田使用除草劑的技術；研究開發防毒劑以及劑，這樣能夠降低草甘膦對作物的危害。