在栽培金針菇的過程中，經常會出現一種叫做基腐病的病害。一旦金針菇出現次病害，在其的子實體成長發育時間，菌柄基部地方將會變成黑褐色到黑色糜爛，當基部出現糜爛之后，子實體就會出現倒伏的現象。幼小的金針菇叢出現病害的時候雖然不會出現倒伏現象，可使它將停止朝上正常健康的成長發育，如果病害發生比較嚴重的時候，針形狀的幼菇將會成叢變成黑色至糜爛。
關于金針菇基腐病的病原在哪呢？
造成此病害的病原是瓶梗青霉，它屬于叢梗抱目、半知菌亞門、叢梗抱科、絲孢綱，這種病原如果在紅薯的蔗糖培養基上，菌絲將會呈現出白色、粉狀態。培養基呈現出深紅褐色，菌落是粉紅色。在從氣生菌絲上生長出的抱子梗，呈現對稱分叉形狀。它與青霉素的分枝非常的相似，可是小枝梗的頂端著生的分生孢子可變成長鏈，鏈長將會達到400到600微米，分生孢子呈現出橢圓形狀、具有單細胞且沒有色澤。
對于金針菇基腐病，它在各個地區都有可能的產生，在室內床栽比較的多。該病大多產生在棉籽殼生料種植的的菇床上，在其的成長時期它的培養料含水量過高，在床面長時期的存在積水，又太長時間的鋪蓋薄膜，阻礙通風條件，濕渡又太多，極易的出現基腐病。
那我們又該怎么去這種病害呢？
、在子實體成長時期需要節制適量的含水，常常掉床面里面的積水，尤其是在子實休成長時期需要積水是非常的重要。
第二、產生病菇之后需要立即的將其掉，然后噴用1∶500倍二十五的多菌靈或者是六十五的代森鋅，這樣將會起到很好的效果。