有些甜瓜出現又裂口又長斑點的現象，主要是缺素如硼導致的裂口，而這些傷口又給其他病害侵染提供了機會，繼而感染這些病害造成爛瓜現象。甜瓜套袋的初衷是為了阻隔病菌與果實的接觸，防止病害侵染果實。有些甜瓜卻是因為套袋后袋內積水，導致果實周圍局部環境濕度大增而且此時棚內溫度較高，適宜病害的發生和流行，從而導致果實長斑點嚴重。造成甜瓜果實長斑點的病害較多，而且表現各異，應根據各自的具體發病癥狀正確區分，以便正確進行防治。
感染甜瓜，造成果實長斑點的病害較多，主要有：炭疽病、黑星病、果斑病、性葉斑病、蔓枯病等。
炭疽病
發病癥狀：植株染病后葉上呈現黃褐色或紅褐色圓形病斑帶黃暈，果實病部凹陷開裂，濕度大時溢出粉紅色黏稠物。溫度22-27℃，濕度85-95%適宜發病。
防治方法：發病初期可噴灑25%溴菌腈500倍或25%咪鮮胺乳油1000倍、80%炭疽福美800倍液等，7-10天一次，連續2-3次。
黑星病
發病癥狀：葉上染病近圓形濕潤狀污點，后變褐色至淺黑色斑點，組織壞死，出現穿孔。果上病斑凹陷，暗綠色密生煙煤狀物，后期呈瘡痂狀，龜裂。
藥劑防治：可噴灑腈菌唑-代森錳鋅600倍混50%多菌靈600倍、75%百菌清600倍等，7-10天一次，連續3-4次即可。
果斑病
發病癥狀：同黃瓜性角斑病，但侵染葉脈。病斑呈圓形至多角形，邊緣V字形，后期病斑干枯。斑背面有白色菌膿、干后發亮。嚴重時病斑融合成大斑，呈褐色至黑褐色。果實表皮有凹陷的水漬狀小斑點，漸變褐色，后龜裂。發病初期果皮，后病菌單獨或混合腐生菌向果肉侵染，使其變為水漬狀腐爛。
藥劑防治：發病初期可噴灑47%加瑞農700倍或77%可殺得800倍等來防治。