很多人都認為用過磷酸鈣作種肥能改善作物苗期的磷營養。因為它不僅能用來進行單施，還能與優質糞肥混合施用。
但是如果是用土法做出的過磷酸鈣作為種肥使用時，則會出現爛種或幼苗中毒等不同癥狀，歸結原因有以下幾種：
（1）游離酸含量過高。由于生產過程中反應時間過短，熟化程度不夠，使肥料中游離酸含量過高。用這樣的過磷酸鈣作種肥，容易腐蝕種子，導致爛種。對游離酸含量過高的磷肥，應在施用前加l％～2％的草木灰與之混合，以減少游離酸的含量。
（2）含有害物質。土法生產過磷酸鈣常利用工業廢酸以降低成本。工業廢酸中往往含有汞、苯、三氯乙醛等有害物質，因土法生產過磷酸鈣而帶進磷肥中。山東、河南、遼寧、安徽、江蘇等省曾發生多起因施用劣質磷肥造成大面積麥苗死亡的事故，其原因是農藥廠廢酸中含有三氯乙醛所致。三氯乙醛對小麥危害的主要表現是：破壞細胞的正常分裂，酶系統紊亂，根系嚴重畸形，出現病態組織如雞爪根；葉片皺縮、卷曲，逐漸枯萎，莖生長點萎縮而死亡。當肥料中三氯乙醛的含量超過400毫克／千克時，即產生毒害。
應該指出的是，遭受三氯乙醛污染的地塊，不要急于補種，必須先翻耕，促使三氯乙醛氧化，使之轉變為三氯乙酸，經灌水淋洗后才能重新播種。