無公害蔬菜施肥時要注意菌肥和有機肥的施加，施加菌肥可以解決很多生長期的問題，對于蔬菜生長十分有利。
施加時注意以下幾點：
有機肥發酵。生產無公害綠色蔬菜，多施有機肥是很好的，但是晨使用時一定要發酵。用有機肥作底肥或追肥時，需要特別注意的是，有機肥一定要腐熟，用的發酵劑（如金寶貝發酵劑）進行處理。這樣不但可以減少養分流失，還可以有機肥中的病菌、蟲卵等有害物，解決病蟲源。
菌肥要施用戶高質量肥料。生物菌肥不僅含有大量固氮、解磷、解鉀活性菌，還含有有機質、腐殖酸和微量元素等，在蔬菜的任何需肥期均可與其它肥料配合施用。高質量的菌肥，如金寶貝菌肥，不但可以節約肥料使用量，而且還可以增強蔬菜的抗病蟲能力以及解決土壤板結問題等。