農藥施加和時其他農藥施加一樣，是要分時間和氣象的，什么時間噴，什么氣象環境噴適合這些都是有講究的，噴施時間選擇早上或者黃昏有露水的時候噴施，這樣可以讓菌劑更好地黏在作物莖葉上，還能促進芽孢繁殖，提高農藥的藥效。
再一個因素就是要看天了，太陽如果直射半小時，芽孢死亡率達50%左右；直射1小時，芽孢死亡率達80%，同時紫外線輻射會使伴孢晶體變形降效。因此，農藥噴時選擇在傍晚或陰天。如果噴施農藥后很短時間內，如遇中到大雨，會將噴灑在作物莖葉上的菌液淋沖掉而降低藥效；但在施藥5小時后下小雨，會有增效作用。如遇大風天氣，不要再施農藥，因為這樣不僅浪費較大大，尤其是粉劑，飄失更多。所以要經常關注天氣的預報，來分析噴施時間。