小麥的生長期長達八個月，在其生長期間可以套作棉花，讓棉花與其共生長，但是肥料就要考慮到兩種作物的需求了，這個肥料應該如何去施加呢？
首先要做的是把土地整好，只有良好的土地才能種出好的收獲。套作的棉花在播種或移栽前要把棉花行整成高10厘米左右的小高壟。小麥種在壟底，棉花種在壟背，這樣既有利于小麥澆水，也有利于棉花苗期早發或方便覆蓋地膜，緩和套作期間的矛盾。肥料的施加時，畝施農家肥不少于8000--5000公斤，過磷酸鈣30--50公斤，有條件的還可增施一些餅肥等。
追肥的施加，要注意增施蕾肥。套作春棉進入蕾期以后，需肥水量逐漸增加，這時如營養跟不上，棉株生長慢，不能盡早搭好豐產架子而導致棉花遲發晚熟。一般套作棉花應比單作棉花增施蕾肥一成以上。土地不肥的地塊可以施加兩次，有效促進棉花苗早發，增加伏前蕾數，為豐收做準備。
肥料添加的同時注意防旱。出套作地塊比一般單作田底肥充足，蕾期澆水防旱，可達到以水調肥，促棉苗壯發的效果。如底肥不足，要注意防旱肥料一齊抓，除少數早發棉田、肥沃地外，可采用澆大水的方法，促苗快長。