近年來，番茄在秋季種植的面積越來越大，逐漸成為了秋天蔬菜的一種主要蔬菜。不過在秋季由于病蟲害的發生比較嚴重，因此對于番茄來說影響很大，損失也會很大。所以要想減少病蟲害對秋番茄的危害，的辦法就是提前預防，下面是秋季發生比較普遍的病蟲害防治具體措施：
早疫病：發病后葉面有同心輪紋狀病斑，暗褐色，水漬狀。發病前后可用70％代森錳鋅可濕性粉劑500倍稀釋液，或75％百菌清可濕性粉劑400倍稀釋液噴霧，每7天1次，連噴3~4次。
葉霉病：設施栽培發病較重。發病前后可用70％代森錳鋅可濕性粉劑500倍稀釋液，或50％速克靈可濕性粉劑800~1000倍稀釋液噴霧，每7天1次，連噴3~4次。
灰霉病：開花期可在蘸花藥液中加入0.1％的50％速克靈可濕性粉劑或50％撲海因可濕性粉劑，效果很好。也可對果實噴霧，但應注意輪換用藥，防止病菌產生抗藥性。還可用50％多克粉塵劑，每畝噴粉1公斤。
病毒病：發病初期可用20％病毒A可濕性粉劑500倍稀釋液，或高錳酸鉀1000倍稀釋液噴霧，每7天1次，連噴2~3次。
斑枯病：發病初期可用70％代森錳鋅可濕性粉劑500倍稀釋液，或50％多菌靈可濕性粉劑500倍稀釋液噴霧，每7天1次，連噴3~4次。
蟲害：主要有棉鈴蟲和蚜蟲。棉鈴蟲應在開花期每隔5~7天噴灑Dr殺蟲劑、滅鈴蟲皇等、低毒、低殘留殺蟲劑，并經常更換施用，蚜蟲可用抗蚜威噴霧毒殺。