育苗時期的施肥也是非常重要的，想讓任何植物長勢良好，都是要進行施肥的，但是化肥應該使用哪幾種，使用什么方法去施加都是有講究的。
容器育苗與苗床育苗相比，不能施入基肥，否則會導致某些元素的濃度過高，造成死苗。一般只施以適量的堆肥，而追肥的效果也不錯，即結合灌水施用性肥料。
容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例的N、P、K養分的混合肥料，按1：200的濃度配成水溶液，通過灌水系統進行噴施或灌根。根據苗木各個生長期的不同要求，不斷調整N、P、K比例和施用量，以達到效果。
苗木生長一般分為出苗期、幼苗期、速生期和硬化期四個階段。出苗期指幼苗剛出土的時期，從播種到幼苗地上部出現真葉、地下部出現側根為止。出苗期的幼苗還不能自行制造養分，其營養來源主要靠種子內部貯存的營養物質。幼苗期是從幼苗地上部出現真葉、地下部生出側根，到幼苗的高生長量大幅上升為止。這時幼苗對磷和氮較敏感，一般以偏施氮肥為主，以促進保苗和根系生長。速生期是苗木生長旺盛的時期，從苗木的高生長量大幅上升開始，到高生長量大幅下降為止。這時是苗木地上部和根系生長量多的時期，需要的肥水多，可增加氮肥用量及次數，并按比例施磷鉀肥，以促進氮的吸收和苗木生長。在后期為促進苗木硬化，提高其抗性，要適時停施氮肥。到了苗木地上部和地下部都逐漸木質化的硬化期，要防止徒長，停止施用肥料，提高苗木抗性。
灌根一般在傍晚進行，溫度過高時不宜灌根施肥。施用農家肥必須漚熟，以免燒苗，還可殺死肥中的病菌和害蟲卵。根外追肥一般一周1至2次，以清晨進行為好。根外追肥與根施相比，用量少，效率高，一般植物葉片8小時后可吸收60%的葉面肥。對某些微量元素，土壤施入往往無效，因此，可多采用根外追肥的方式，并將兩種追肥方式配合進行。無論哪種方式，都應先淡后濃，一旦發現施肥過量，要盡快灌水沖淡。
不同種類的苗木對養分的需求量不同，為達到良好的施肥效果，對不同生長期和不同種類的苗木，需要確定施肥的方案。
生物肥料對某些苗木的生長作用明顯，如松樹。不過松樹用容器育苗時，菌根菌較難傳播，應進行人工接種，將有菌根菌的土壤鋪蓋在容器土壤表面。一般菌根土應取自同種松樹根系的周圍。接種時間應選在松樹種子發芽后一個月左右，如過早放入，幼苗側根未形成，菌根菌沒有寄主，往往就會失效。但豆料植物，如金合歡、合歡、紫荊、紫藤等，大都有可以固氮的根瘤菌，而磷肥在很大程度上可以促進根瘤菌的發展。因此這類苗木對磷肥的要求較高，對氮肥要求較低。