肥料的施加對于農作物的生長有著很重要的作用，而使用施肥是與普通肥料有著不同的施加方法的，施肥的時候都是有針對性的，不同的種類的施肥性質不同，但是目的都是一樣的，為了的高產而努力，同時施肥也要有一定的原則性，其原則如下。
1.以農家肥為主，農、化肥配合，其意義：一是在施用農家肥的基礎上使用化肥，能夠取兩者之長補兩者之短，緩急相濟，不斷提高土壤供肥的能力。二是能提高化肥利用率，克服單純施用化肥的副作用。
2.以基肥為主，配合施用迫肥和種肥：施用基肥，能長期為藥用植物提供主要養分，改善土壤結構，提高土壤肥力。因此，基肥用量要大，一般應占總施肥量的一半以上；要以長效的有機肥料為主，配合施用化肥。在施足基肥的基礎上，為了滿足植物幼苗期或某一時期對養分的大量需要，還應施用種肥和追肥。種肥要用腐熟的優質農家肥和中性、微酸性或微堿性的化肥。追肥也多用肥料。
3.以氮肥為主，磷、鉀肥配合施用：在植物體內，氮的總量約為干物質的0.3％～0.5％，磷的總量次之，鉀則更少。植物對氮的吸收量一般較多，而土壤中，氮素含量不足。因此，在植物整個生育期中都要注意施用氮肥，尤其是在植物生育前期增加氮肥更為重要。豆科比禾本科植物需氮多，但由于有根瘤菌可以幫助固定空氣的氮素。所以，豆科植物一般可以少施或不施氮肥。在注意施用氮肥的同時，應視藥用植物種類和生育期，配合施入磷、鉀肥。如為了促進根系發育以及禾本科植物分蘗，用少量磷肥拌種，為了使種子積累多量，提高種子產量，對留種田開花前應追施磷肥。在密植田配合施用鉀肥，能促使莖稈粗壯，防止倒伏。
4.根據土壤肥力特點施肥：在肥力高，有機質含量多，熟化程度好的土壤，如高產田、村莊附近的肥沃地上，增施氮肥作用較大，磷肥效果小，鉀肥往往顯不出效果。在肥力低，有機肥料用量少，熟化程度差的土壤，如一般低產田、紅、黃壤、低洼鹽堿地，施用磷肥效果顯著，在施磷肥的基礎上，施用氮肥，才能發揮氮肥效果。在中等肥力的土壤上，應氮、磷肥配合施用。，在保肥力強而供肥遲的黏質土壤上，應多施有機肥料，結合加沙子，施爐灰渣類，以疏松土壤，創造透水通氣條件，并將性肥料作種肥和早期追肥，以利提苗發棵。在保肥力弱的砂質地上，也應多施有機肥料，并配合施用塘泥或黏土，增強其保水保肥能力。追肥應少量多次施用，避免一次施用過多而淋失。
在酸性土壤上，植物容易受土壤中代換性鋁離子的毒害而生長不良，宜施堿性肥料，如草木灰、鈣鎂磷肥、石灰氮或石灰等以中和土壤酸度。在堿性土壤上則要施酸性肥料，如硫酸按等。鹽漬土地不宜施用含氮較多的化肥，如氯化銨等。對磷礦粉、骨粉等難溶性肥料，在酸性土壤施用，可以逐漸轉化溶解，提高肥效，而在堿性土壤上施用，則效果不大。
5.根據藥用植物的營養特性施肥 藥用植物的種類、品種不同，在其生長發育不同階段所需養分的種類，數量以及對養分吸收的強度都不相同。因此，必須了解藥用植物的營養特性，因地制宜地進行施肥。一般對于多年生的，特別是根類和地下莖類藥用植物，如芍藥、大黃、黨參、牛膝、牡丹等，施用肥效期長的，有利于地下部生長的肥料，如重施農家肥，增施磷、鉀肥，配合使用化肥，以滿足一個生產周期對肥料的需要。一般全草類可適當增施氮肥；花、果實、種子類的則應多施磷肥。
不同的生育階段施肥也應有所不同。一般是生育前期，多施氮肥，能促使莖葉生長，并能增穗增粒；生育后期，多用磷、鉀肥，以促進果實早熟，種子飽滿。薏苡，在分蘗初期追施氮肥，能促進分蘗早發快發，穗多；在拔節至孕穗期追施氮肥，可促使穗大、粒多、稈硬；在開花前后施用磷肥，能促進子粒飽滿，提早成熟。
6.根據氣候條件施肥 在低肥、干燥的季節和地區，施用腐熟的有機肥料，以提高地溫和保墑能力，而且肥料要早施、深施、以發揮肥效。化學氮肥、磷肥和腐熟的農家肥一起作基肥、種肥和追肥施用，有利于幼苗早發，生長健壯。而在高溫、多雨季節和地區，肥料分解快，植物吸收能力強。則應多施遲效肥料，追肥應量少次多，以減少養分流失。