專家指出，種肥也是一門技術，種肥施用得當能及早滿足作物對養分的需要，又能節省追肥用工。如果種肥施用不當，會直接危害種子，造成減產，甚至絕收。施用種肥時要注意以下幾點：
1、不選有腐蝕性作用的肥料碳酸氫銨、氨水具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，不宜作種肥。一般將這類肥料施在播種溝之下或與種子相隔一定的土層，或將過磷酸鈣與土雜肥混合后施用。
2、不選有毒害作用的肥料尿素在作物的生長過程中，常生成少量的縮二脲，縮二脲含量若超過2%，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，影響種子發芽。
3、不選含有害離子的肥料氯化鉀、氯化銨等含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利，硝酸銨、硝酸鉀等所含的硝酸根離子，對種子發芽有影響。
4、不選強堿性化肥窖灰鉀肥、鋼渣磷肥等強堿性肥料不宜作種肥。窖灰鉀肥含鈣較多，吸濕性強，吸水后變成熟石灰，放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。作種肥時，必須與有機肥混合，施入播種溝穴內。再播種覆土，可避免危害。
5、不選未腐熟的農家肥農村常用廄肥、人糞尿等農家肥作種肥，如果未腐熟處理，施入土壤后發酵，會釋放出大量熱能根系，釋放出的氨氣灼傷幼苗。所以農家肥必須經過堆漚高溫發酵，腐熟后才能做種肥。