在農業(yè)生產中，人們通過施肥為作物生長提供其所需的養(yǎng)分，但施入的化肥部分未被作物吸收利用，這些未被吸收利用的化肥在土壤中經過物理的、化學的和生物的作用，不斷地發(fā)生稀釋或富集，當積累到了一定的數量，就會妨礙土壤正常功能，抑制微生物活動，土壤質量下降，影響作物正常生長發(fā)育，并通過作物吸收或進入地下水系，終影響人體健康。
防治施肥引起的土壤污染，必須貫徹“預防為主、防治結合”的方針。并要切實做好以下3方面的工作：
1、控制和土壤污染源，這是防止污染的根本措施主要加強對土壤施肥污染的監(jiān)測和管理；科學合理施用化肥，增加生物有機肥和有機無機復混肥的用量，通過肥料品種搭配，減少化肥施入量，從根本上控制施肥污染土壤的機會。
2、增強土壤容量和提高土壤凈化能力增加土壤有機質含量、改善土壤團粒結構、能增加土壤對污染物的吸附能力和吸附量，從而減少污染物在土壤中的活性。發(fā)現、分離和培育新的微生物品種，改善微生物的土壤環(huán)境條件，增強生物降解作用，這是提高土壤凈化能力的重要環(huán)節(jié)。
3、采取各種措施，減少土壤污染物總量種植某些能吸收重金屬元素的植物去除重金屬；施加抑制劑以減少作物對污染物的吸收；改變耕作制度，改變土壤環(huán)境條件，某些污染物的毒害；對局部被重金屬嚴重污染的土壤，采取客土、深翻的方法除去污染物。