菌肥的肥效的不理想，降低肥效的原因如下：
一、要求土壤墑情適宜。土壤太干或太濕都不利于菌肥肥效的發揮，適宜的土壤濕度為60%左右，即見干見濕的土壤濕度為適宜。
二、不能與劑混用。菌是菌肥的主要體現，若與劑混用，劑容易殺肥中的活性菌，降低菌肥的肥效。
三、不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抑制作用還不是很清楚，若相互抑制，則會降低肥效。
四、與化肥混用，要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。