食用菌這幾年非常受農民伯伯的追捧，合理的用好肥料讓食用菌大豐收、改善食用菌品質的重要的品質，施肥的作用是補充和調整營養成分，并能有害因素，為食用菌的持續高產創造有利的條件。食用菌的施肥可分為培養料施肥及菌床施肥兩個方面。
一、培養料的施肥現在的棉籽殼吃水量很低，營養缺乏，如不另外添加營養則很難提高產量，這就是目前很多菇農反映產量大不如前的原因。培養料中的施肥應以有機肥為主，化肥的使用量可相對少一些。有機肥的營養，能為食用菌菌絲的生長提供的營養供應，特別在出菇后期，這一點表現尤為突出，化肥的成分是容易被菌絲吸收利用的物質，可與有機肥配合施用。食用菌經常施用的有機肥有畜禽糞、豆餅、棉餅、玉米面、麩皮、米糠等，根據原料的含氮量高低，可加入10%~30%不等。化肥一般有磷酸二氫鉀、硫酸鎂、尿素、復合肥、食用菌專用肥等，加入量一般為0.1%~0.5%，不能加入太大，否則會導致菌絲生長不良。
二、菌床施肥菇床施肥的常用成分有食用菌專用微肥、許多植物生長如三十烷醇、吲哚乙酸、赤霉素、萘乙酸等、自配營養液如堆肥浸汁、菇根湯、豆漿汁、禽糞汁、葡萄糖碳酸鈣液、尿素或硫酸銨液、蛋白胨酵母粉液、草木灰液等。施肥的方式可采用穴灌及溝灌的方式進行，灌肥穴距可為10厘米，溝灌時溝距為30~50厘米，灌入肥液后，加大通風量，隔5~6天可再灌一次。
子實體施肥也是目前常用的方式之一，其所用的主要營養成分可以無機營養為主，如食用菌專用微肥、尿素溶液、磷酸二氫鉀液、腐植酸液等，現在推廣施用的很多生物液肥如光大菌王、立信菌王等，施用效果也很明顯。