首先，施肥的作用、目的都發生了明顯的變化。
露地條件下的土壤施肥是以滿足作物對各種肥料元素的需求為主要目標，而設施栽培中的土壤施肥，除以上目標外，還擔負著供給作物光合作用的主要原料——二氧化碳的任務。因為設施內空氣中的二氧化碳難以從空氣流通中得到補充，二氧化碳是否充足，成為制約設施內作物產量高低的首要因素。而肥料元素是否充足、配置比例是否合理，雖然仍是制約作物產量的重要因素，但是和設施中的二氧化碳含量相比，已經不是主要的了。所以在設施栽培中土壤施肥不但要滿足作物對各種肥料元素的需求，更重要的是滿足作物光合作用對二氧化碳的需求。
第二，隨著施肥目標的改變，施用肥料的種類必然隨之改變
在露地條件下，有機肥料與各種化肥相比，肥效明顯遜色。而在設施栽培中，不管是哪種化肥，都不能滿足作物對二氧化碳的需求，而有機肥料施入土壤中后，經土壤微生物分解，卻能源源不斷地釋放二氧化碳。因此，有機肥料是設施栽培用肥的和必須，不論是基肥還是追肥都應施用有機肥料，以滿足作物對二氧化碳的需求。而各種化肥，特別是氮肥，只能適當配合有機肥料施用，且施用量必須嚴格控制，決不能施用過多，以免引起土壤鹽漬化和發生氨害。
第三，施用方法不同
在作物栽種以后，不管是追施有機肥料還是追施化肥，都必須選擇晴天上午進行，做到撒肥、掘翻、澆水、覆膜同步進行，嚴禁陰天、下午進行追肥操作。操作的同時還須開啟通風口，否則追肥操作過程中揮發的氨氣、水蒸氣不能及時排除，會嚴重危害作物，室內濕度過高還可能誘發病害。追施化肥，還須事先溶解成水溶液，隨水沖施，以防止氮素不能及時被土壤溶液吸收，而揮發氨氣。