微農藥在農藥的種類里是不可替代的一種藥劑，在施用微農藥的時間要注意到它的特性，切勿因使用不當而造成嚴重的后果。
1.用量。微農藥就是微生態制劑的的簡稱，它的根本作用是以菌治菌的競爭抑制作用，只有當有益菌在適宜的環境中形成優勢菌群后，才能有效抑制有害菌株的生長。對首次使用微生態制劑的幼齡動物，前三天應加大使用劑量，先在動物體內建立優勢菌群。要發揮微生態制劑治本的預防作用，就必須提前使用。
2.活性。使用微生態制劑時，一定要注意菌體的數量和活力。實驗表明，隨著微生態制劑保存期的延長，活菌數量逐漸減少，其作用效果明顯降低。因此，制劑的保存時間越短越好。
3.水的質量。飲水使用的微生態制劑，稀釋用水要潔凈，如用自來水要放置24小時(除氯氣)，pH6～8，水溫20～30℃，以益生菌的生物活性。
4.攪拌均勻。拌料使用的微生態制劑，先加少量飼料拌勻，再按比例加入飼料，混合拌勻即可飼喂。5.配伍禁忌。嚴禁與化學藥劑、藥劑及同時使用。
6.保存。盡量低溫陰暗處保存，以減少環境對有益微生物的破壞。
7.時機。發揮微生態制劑的作用，必須選擇適宜的時機。尤其是對于消化道疾病，當發生腸炎的時候，腸道已經受到嚴重破壞，再使用任何或微生態制劑，也很難發揮很好的作用。因此，使用微生態制劑重在預防。發生消化道疾病的初期，大劑量使用，會產生良好效果。