尿素施用時有八項“不宜”：
一、不宜與堿性肥料混施或同時施用。尿素施后須轉化成氨態氮才會產生肥效，而氨態氮在堿性條件下，大部分氮素會變成氨氣揮發掉，所以尿素不能與石灰、草木灰、鈣鎂磷肥等堿性肥料混施或同時施用。一般來說，夏秋季節，尿素與堿性肥料應錯開3～4天施用，冬春季應錯開7～8天。
二、不宜作拌種肥。尿素在生產過程中，常產生少量的縮二脲，當縮二脲含量超過2％時就會對種子和幼苗產生毒害，這樣的尿素進入種子和幼苗中，會使蛋白質變性，影響種子發芽和幼苗生長，故不宜作種肥。若必須作為種肥施用，要避免種、肥接觸，并控制用量。
三、不宜施后馬上灌水。尿素屬酰胺態氮肥，它要轉化成氨態氮才能被作物根系吸收利用，轉化過程因土質、水分和溫度等條件不同，時間有長有短，一般在經過2～10天才能完成，若施后馬上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就會溶解在水中而流失。一般夏秋季節應在施后2～3天才能灌水，冬春季節應在施后7～8天后澆灌水。
四、不宜地表撒施。尿素撒施在地表，常溫下要經過4～5天的轉化才能被利用，大部分氮素容易在氨化過程中揮發掉，一般實際利用率只有30％左右，如果在堿性土壤和有機質含量高的土壤中撒施，氮素的損失會更快更多。而且尿素淺施，易被雜草消耗。尿素深施，融肥于土，使肥料處于濕潤的土層中，有利于肥效的發揮。作追肥應穴施于苗旁或溝施在苗側，深度應在10～15cm左右。這樣，尿素集中在根系密集層，便于作物吸收利用。試驗證明，深施比淺施能提高尿素的利用率10%～30%。
五、不宜用量過大。尿素含氮量高，施用量不宜過大，以免造成不必要的浪費和“肥害”。一般每畝施用5～15公斤，水田每畝施15～20公斤。施用過多，在轉變為碳銨前不能被土壤吸收，容易被雨水淋失，且易傷害作物。同時尿素施得過多，大部分被流失，進入地下水，將會導致水體的氮素污染，造成亞硝酸鹽的沉積，嚴重影響人畜。
六、不宜高濃度葉面噴施。在所有氮肥里面，尿素是理想的葉面肥。噴施尿素，作物合成蛋白質的數量和速度都超過其他氮肥。但是，葉面噴施時切忌尿素溶液濃度過大，否則會燒壞葉片，也會毒害植株。通常對玉米、水稻等噴施的濃度以2%為宜；蔬菜、瓜類以0.5%～1.5%為宜。
七、不宜施用過遲。施用尿素過晚，不利于肥效的發揮，易造成作物貪青晚熟，故一般應比其他氮肥早施4～7天施用。
八、不宜施于芹菜上。芹菜整個生長期間需追施大量的氮素肥料，但不可施尿素。因為追施尿素會使芹菜纖維增多變粗，植株老化，生長緩慢，且食用時帶苦味，品質低劣。