晚稻，無論是連作晚稻或一季晚稻，秧田的施肥技術與早、中稻有顯著不同。因為它們育秧季節的氣溫和泥溫都比較高，土壤中養分釋放和肥料分解均比較快，秧齡又比較長，一般30～40天，也有長達50天的。
根據上述特點，育秧的要求是既需要秧苗粗壯清秀，又必須避免秧苗生長過旺，出現徒長秧和拔節秧。因此，晚稻秧田宜用肥效緩而的有機肥料如塘泥、豬糞尿等作基肥。同時施用少量磷肥，其數量較早、中稻秧田為少。而一般不用或少用化學氮肥作基肥，以利控制秧苗生長。
氮肥作追肥，必須嚴格看苗施用，秧苗中期無缺肥現象則不追肥。但起身肥對晚稻育秧是比較重要的，一般在移栽前兩三天每畝追施尿素2.5kg或硫銨5kg，以利移植后新根的良好發育和加速禾苗的返青。
晚稻育秧施鉀不但能增強鉀素營養，且可防治秧苗的胡麻葉斑、褐斑病等病害，以每畝晚稻秧田施氯化鉀8kg左右作面肥為宜。
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