我們在實際的農業生產中，很多人由于對復合肥的特點和使用要求了解不多，或硬搬尿素、碳銨等單持化肥的使用方法，在實際生產中經常因施用不當而造成浪費，甚至因產生肥害而減產，影響了復合肥優越型性的發揮。目前復合肥施用中主要存在的以下幾個問題。
一是追肥多，基肥少。很多人主要將復合肥作為性追肥施用，特別是很多采農不施基肥，待出苗后第5天追肥一次，不僅費工費時，而且不能發揮肥料的效力，造成不應有的浪費。因此正確的作法是將復合肥的大部分用們基肥，在生產中期和后期視情況追施氮肥或鉀肥。
二是表施多、深施少。很多人習慣于將復合肥撒在地表，這樣不僅肥效慢，而且浪費大。因為如果遇干旱天氣，地表沒有水，肥料沒有水，就不能吸收；遇下雨，肥料會被告水沖走。正確的是全耕層深施，或穴施、條施后蓋土。用量少時可集中用作種肥，并且注意將種子與肥料隔開以防種子。
三是做不到因土、因作物施肥。很多人由于過去大量施用磷酸二銨等高磷肥料，造成磷的過量積累，不僅浪費，嚴重的甚至造成減產。還有很多人在缺P的土壤上施用NK二元復合肥，以為是用量少而增加施肥量，結果造成養分過量而燒苗。