蔬菜生長離不開肥水，大雨過后，菜農要加強植株的肥水管理，促進蔬菜盡快恢復生長。
已經定植的棚室
已經定植蔬菜的大棚，土壤經過雨水浸泡后，因肥料隨水流失，土壤肥力可能會降低，同時蔬菜根系受傷，吸水吸肥能力降低，為避免出現植株脫肥情況，建議積水排出后，少量多次施用肥料。菜農可以用氨基酸、腐植酸或甲殼素等生根性肥料，沖施或進行灌根，生根促根。天晴后抓緊補施氮磷鉀肥和有機肥，以恢復地力。葉菜類以氮肥為主，少施勤施，瓜類、茄果類、豆類蔬菜應該氮磷鉀肥配合施用，同時輔以葉面追肥，如全營養葉面肥300倍、海藻酸葉面肥1000倍等，蔬菜正常生長所需的營養供應，促使蔬菜盡快恢復生長。
還未定植的棚室
施用底肥后準備定植的大棚遭水浸泡后，建議重新施用底肥，并進行深翻土壤，底肥施用要全面，除了氮磷鉀復合肥，要增加有機肥、菌劑菌肥的用量，同時注重中微量元素的施用，這樣不但養分全面，而且提高了土壤有益生物菌的數量，可預防定植后死棵問題的發生，蔬菜的正常生長。