大頭菜的主要病蟲害有病毒病、黑腐病、菜青蟲、小菜蛾、蚜蟲、黃曲條跳甲等。大頭菜忌與十字花科作物連作。
1.病毒病主要防治方法：發病初期用20%鹽酸嗎啉胍·銅可濕性粉劑500倍液，或2%鹽酸嗎啉胍懸浮劑400-600倍液噴施，連噴2-3次，每隔7-10天噴一次。
2.黑腐病防治方法：用72%農用鏈霉素可濕性粉劑4000-5000倍液，或75%百菌清可濕性粉劑500-600倍液，或25%甲霜靈可濕性粉劑與50%福美雙可濕性粉劑按 1:1混合后500倍液噴施。在發病初期隔7-10天噴一次，連噴2-3次。
3.地下害蟲及線蟲。用鋅硫磷溶液800-1000倍液灌根。
4.菜青蟲、小菜蛾。可用氯氰菊酯3000倍液，BT乳劑600倍液；功夫1500-2000倍液，1.8%蟲螨克3000-4000倍液防治。
5.蚜蟲。用10%大功臣10-15克/畝，樂果800-1000倍液進行防治。距采收前15天停止施藥。