微生物肥料又稱生物肥料、接種劑或菌肥，是一種新型的肥料，可以用于浸種、蘸根、混拌底肥，溝施或穴施，越早使用效果越好。
因為微生物肥料是“活的肥料”，含有大量的有益菌，而有益菌的活性受到地溫、濕度、光照等等因素的影響，所以在使用方法上有著合理的規范，方法使用對了，效果發揮好，不浪費。
下面來看一下微生物菌肥的使用方法，以及使用微生物菌肥常見誤區。
微生物菌肥使用方法
1.育苗時開始使用效果佳
提前一天，浸種十五分鐘至半個小時，然后陰涼處晾干，提前一二天，均勻混拌育苗基質，略蘸小水澆灑，讓菌劑提前定植繁殖生長。覆蓋薄膜，以免雜菌混入。
微生物肥料越早使用越好，為什么這樣說呢？因為微生物肥料當中含有的有益菌，可以促進土壤當中有益菌的繁殖，并且抑制雜菌的生長，對土壤的理化性質起到很好的改善作用，并且能夠改善土壤因長期使用化肥而造成的土壤板結、酸化、鹽漬化等一系列土壤性問題。
并且微生物菌肥還能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病蟲害能力。所以在育苗期就開始使用生物菌肥，對作物的病蟲害提前預防起到了很好的保護作用，間接地減少了因病蟲害而造成的經濟損失。
2.定植穴施或溝施
穴施為佳，均勻混拌麥麩、碎磨稻糠、豆粕等有機質，若少量添加玉米粉、黃豆粉尤佳（為避免豆粕等有機質燒苗，盡量使用腐熟過的，并添加曬干的泥土）。施入后及時覆土。
微生物肥料為什么穴施效果***佳？作物的生長離不開營養，而作物葉片光合作用供給的營養只占很少一部分，大部分的營養供給都是來自于作物的根系吸收。所以根系的生長及根系周圍土壤環境健康是十分有必要的。只有了根系周圍土壤環境營養豐富，有機質充足，就能根系很好地生長，為作物提供全生長周期的營養需求。
3.混拌底肥、有機質旋耕進土下
若***次使用微生物菌肥，建議加倍用量，旋耕下底肥時使用。
這是為什么呢？因為長期使用化肥的土壤，比如連作三年以上的土壤，土壤營養平衡一般就會被打破，常年使用的就會發生一系列土壤問題，嚴重危害了作物的質量和產量。
使用微生物菌肥常見誤區
1.為圖方便，習慣與化學農藥混用，降低活性
微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性，造成部分菌死亡。
2.輕視使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物種類繁多，數量，接種的外來有益菌要形株成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度，增施有機肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的數量等。
3.使用方法和時間掌握不當
微生物肥料使用方式靈活多樣，液體菌劑可以用來拌種、浸種、噴施、蘸根、灌根；固體菌劑可以用來拌種、蘸根、混播、混施。
不同的使用方式對效果有一定的影響，應避免在土壤表層撒施、高溫強光下噴霧，做底肥、溝施、穴施、灌跟使用時采用局部用肥的方法會有利于肥效的發揮，與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響，建議將畜禽糞腐熟后再混用。