細菌生物農藥因為其比較環保，受到很多地方環保部門的喜愛和推廣。但它使用時容易受天氣條件影響，因此在使用時須特別注意天氣條件。
溫度細菌生物農藥的活性成分是蛋白質晶體和有生命的芽孢。在低溫條件下，芽孢在害蟲體內繁殖速度慢，蛋白質晶體也不易發生作用。據試驗，在氣溫25～30℃時施用細菌生物農藥的藥效比在10～15℃時提高1～2倍。
濕度細菌生物農藥中細菌的芽孢喜潮濕環境，因此，使用時田間濕度越大，藥效越高，尤其是噴施粉狀生物制劑農藥更應注意田間濕度。一般在清晨和傍晚有露水時噴施細菌粉劑，以利于菌劑較好地粘在作物莖葉上，并促進芽孢繁殖，提高藥效。
陽光陽光中的紫外線對芽孢有殺傷作用。據試驗，陽光直射0.5小時，芽孢死亡率達50%左右；直射1小時，芽孢死亡率達80%。此外，紫外線輻射會使伴孢晶體變形降效。
所以，噴施細菌生物農藥應在傍晚或陰天進行。
雨水噴施細菌生物農藥后不久，如遇中到大雨，會將噴灑在作物莖葉上的菌液淋沖掉而降低藥效；但如果在施藥5小時后下雨，則不但不會降低防效，反而有增效作用。