近幾年來，由于受到番茄黃化曲葉病毒病的影響，很多地區都種植了抗病毒病品種，而其中不少品種對真菌性和細菌性病害的抵抗能力較低。近期隨著外界溫度的不斷降低，大棚放風時間越來越短，棚室中濕氣排不出去，番茄易發生灰葉斑病和細菌性髓枯病，要根據不同情況使用不同的農藥來防治。
番茄灰葉斑病發病初期，葉面布滿圓形或不規則形水漬狀暗褐色小斑點，并沿葉脈向四周擴大，發展為不規則形病斑，病斑中部逐漸褪色呈灰白色至灰褐色，病斑稍凹陷，小而多，直徑2～4毫米，極薄，后期易破裂、穿孔或脫落。發病后可以用33.5％喹啉銅懸浮劑（750倍液）加25％溴菌腈可濕性粉劑（560倍液）噴霧，每隔5～7天一次，連續防治2～3次。
番茄細菌性髓枯病，又稱細菌性髓部壞死，冬季應重點防治，主要在番茄下部的莖稈內發病，發病后莖稈上生成大量不定根，剖開莖稈可見髓腔內有透明的膠狀物，葉片失水萎蔫。防治細菌性病害關鍵是前期預防，對近期定植的番茄，在緩苗后每隔10天用25％絡氨銅水劑（500倍液）加25％甲霜·霜脲氰可濕性粉劑（500倍液）灌根，連續灌2～3次，預防病害發生。已經發病的植株，可以用上述藥液向莖稈中注射，以控制病害的發展。
冬季防治番茄病害，還應注意棚室管理，白天溫度控制在25～30℃，夜間溫度保持在14℃左右。大棚相對濕度在80％以上時及時通風，合理澆水，降低棚內濕度。同時，注意整枝打杈，不偏施氮肥，以提高植株抗病能力。