自古至今，世間萬物都會分為三六九等。對于不同的東西我們就應當不同的對待，那么對于不同類別的農藥殺菌劑我們同樣應該有不同的運用方法。
維護性殺菌劑：這類殺菌劑可以維護未被病菌侵染的施藥部位免受病菌侵染，需求在作物沒有接觸到病或病害發作之前，噴藥才可收到效果，如銅制劑(波爾多液)，硫制劑(石硫合劑)，代森錳等。
根除性殺菌劑：這類藥劑能直接殺死入侵前的病菌和已被侵染的施藥部位，常有消毒作用。如用福爾馬林消毒帶菌種子。
性殺菌劑：也叫內吸性殺菌劑，這類殺菌劑被植物吸收傳導后，可阻止植株各個部位的病菌開展。如多菌靈、托布津、春雷霉素等。
不同類殺菌劑的運用辦法不同。
種苗階段系統維護：包括藥液浸種、藥液悶種、藥劑拌種、種衣劑、藥液浸蘸秧苗等。常用的藥劑有拌種雙、福美雙等。種苗包括種子、塊根、塊莖、鱗莖、插條、秧苗、苗木及其它用于繁衍的器官。
藥劑處置土壤：屬整體或部分維護，如直接在苗床土壤中施藥種類有五氯硝基苯等。處置土壤可用澆灌法、翻混法等。
葉面噴灑：葉面噴灑有多種劑型，如粉劑、微粉劑、可濕性粉劑、乳油、懸浮劑、水劑、煙霧劑等。