近年來，在蔬菜、水果等農作物無公害栽培中，使用微生物農藥越來越多。但是很多時候我們容易走入一些誤區，所以要十分警惕，避免走入這些誤區。
一：施用時溫度過低。有些農戶在試用微生物活體農藥時，不注意環境因素，不選擇氣溫較高的天氣條件下試用，甚至在冬天和早春寒冷的天氣條件下試用，故沒有達到預期的效果。這是因為，生物農藥試用時都要求較高的溫度。試驗表明，在25℃~30℃之間，噴施后的微生物活體農藥防治效果要比在10℃~15℃之間的高出1至2倍。
二：在干燥的天氣下施用。如晴天上午10點鐘到下午4點鐘前等高溫干燥的天氣條件下施用，農戶反映效果不佳。這主要是因為環境濕度不夠所致。如白僵菌，作為真菌殺蟲劑，制劑主要含白僵活孢子，施用后通過直接接觸蟲體，或在用物上被害蟲吃入消化道，在適宜的條件下孢子萌發，在蟲體內繁殖，產生白僵菌素等，導致害蟲緩慢死亡。死亡蟲體的菌絲和分生孢子，通過接觸或借助于氣流又傳播至其它健康蟲體上侵染，從而造成流行，引起大量個體死亡。落入土壤的白僵菌還能在土壤中越冬，第二年再侵染蟲體，繼續起到殺蟲作用，后效明顯。因此，選擇陰天、雨后或早晨等濕度大時施用。
三：不避太陽光。沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，引起藥效下降。微生物活體農藥，怕強太陽光照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著致命的殺傷作用，而且紫外線的輻射對伴孢晶體還能產生變形降效的作用，因此要選擇在下午4點鐘以后或者陰天使用，效果會大大的發揮。
四：與殺菌劑混用。如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現的。施用后活孢子侵染蚜蟲并致死，可持續傳染，引起群體大量死亡。作為一種活體真菌，如果與殺菌劑混用，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用。