溫度在15℃以下時，會影響水稻的根系活力，造成根系活力減弱，影響水稻水分吸收。如果水稻正處于灌漿中期，而水稻根系活力突然下降的話，且在連續多日的低溫陰雨天之后，天氣突然好轉，會造成水稻葉片失水快，但是由于根系吸收水分少，這就會造成水稻生理性缺水，影響小的話會影響灌漿、使水稻葉尖發黃，嚴重的話會導致水稻在短期內生理性青枯死亡。尤其是在水稻前期田間長期漚水，擱田期期間碰到連續陰雨天，造成擱田不良，根系生長不良的水稻，抵抗力弱，灌漿期根系易早衰，在低溫天氣下，這種水稻根系活力弱，很容易發生生理性缺水或青枯死苗。
秋季時，每天的氣溫下降到13℃時，如果低氣溫天氣持續的時間不長，土壤溫度不能過低，含水量較高的稻田土壤，土壤溫度不會出現急速下降的情況，尤其是田間有較深水層時后，水稻根系溫度下降得更慢，這時候就能保持較高的溫度，水稻根系仍能保持較高的活力，進行營養水分吸收，有較強的吸水能力，這樣，即使在低溫陰雨天過后突然遭受太陽暴曬天氣，也不會出現生理性青枯現象。如果低溫持續時間比較長，土壤溫度有可能迅速下降到15℃左右，這時候一定要注意及時灌水保溫，如果是用溫度較高的大水體水灌溉更好，特別是根系早衰、活力不強的水稻，更應該應及時灌水護苗，預防因天氣突變引起生理性缺水。
有些機械插秧稻田，栽插后死苗情況較多，水稻根系不是很發達，要特別注意及時灌水護田。