大蒜有著藥用的效果，通常不會感染病害，這點大家都知道。但是大蒜只能夠抑制產生某些病害，卻不可以抑制害蟲的危害，針對蚜蟲、種蠅等害蟲，就需要加以重視防治，以大蒜品質，增強栽培效益。
一、蚜蟲
主要對大蒜造成危害的蚜蟲有：棉蚜、蘿卜蚜以及桃蚜等，它們分別呈綠、黃及黃綠色，也有的呈現出櫻桃紅色。在溫度比較高時，這對害蟲的繼續繁殖及為害比較有利。因為此害蟲能夠刺吸汁液，可以造成大蒜葉片卷縮變形，嚴重危害的，蒜葉將會枯死。
防治方法
1、使用五十的抗蚜威可濕性粉劑平均每畝10克到18克，添加清水40千克到50千克進行噴霧。
2、使用四十的樂時乳油1000到1500倍液噴霧。
3、使用二十的氰戊菊酯乳油3000倍液噴殺。
二、種蠅
種蠅又叫做地蛆。主要對大蒜造成危害的有種蠅和蔥蠅。這兩種蠅外貌形狀相似，幼蟲表現為乳黃色的蛆，體長約在0.7厘米到0.9厘米，尾部出現有7對肉質突起。幼蟲在土壤下會危害大蒜鱗莖，導致蒜頭組織慢慢潰爛，心葉因為失去營養成分的供應而黃化，嚴重的會造成整株枯死。
防治方法
1、對已經出現種蛆的田塊，在追肥的時候改施用各類糞肥為施精制有機復合肥或是多元復合肥。
2、使用九十的晶體敵百蟲1000倍液進行噴霧，出現枯死團的地方，可以采取灌根防治。
3、排灌較為方便的田塊，可以連續灌水2到3次，每次24小時，以致地蛆窒息而死，在灌水后快速排水。