培育香菇過程中，為有效防治病蟲害及雜菌，我們可以采取如下措施：
1、嚴格把好關：
在常壓下應該使灶內的氣溫穩定在100攝氏度，并且持續約8個小時；在鍋內菌袋排放時，中間應該保留有空隙，致使蒸氣保持暢流菌袋受熱均勻；要防止因為補水或是燒火等因素造成的中途降溫；從拌料到一定要在8小時之內完成，從開始到灶溫上升到100攝氏度時不可以超過5小時，以避免料發酵變質。
2、保持好環境衛生：
凈化空氣能夠使空氣里的雜菌孢子的密度下降得，是降低雜菌污染積極有效的一種方法。裝瓶消毒冷卻，接種以及培養室等場所，都要做好平常的清潔衛生。在暴雨之后應該進行集中打掃。堅持每天在空中、地面使用零點二的肥皂水或是三到四的石碳酸水溶液，五的甲醛1：500倍五十的多菌靈水溶液以及五到二十的石灰清水等交叉噴霧或是噴灑，把廢棄物以及污染物不失時機的給其燒毀或是浸入到藥水缸，以避免污染環境及空氣。
3、科學安排接種季節：
一定要按照香菇菌絲生長以及子實體發生對氣溫的要求，科學合理的安排接種季節。太早接種或是遇夏秋高溫氣候，不僅明顯的增加污染率，并且對菌絲生長發育又非常不利；太遲接種，污染率雖然比較低，但是秋菇的生長期縮短，影響香菇的產量。接種在日平均溫度穩定在25攝氏度左右時為效果。夏季溫度怒偏高時，接種時間應該安排在午夜到第二日的清晨。
4、減少菌絲：
還沒有愈合時產生霉菌，采取把門窗關閉好，定量開窗通風幾次，將覆蓋的薄膜揭除去，等到控制霉菌之后再覆蓋上的措施。若是個別的栽培塊產生霉菌，不要急于處理，要等到菌絲愈合之后再作處理，但是需要提高掀動薄膜的次數，并且加強栽培室里的通風換氣以及降溫減濕。
5、袋料栽培：
危害袋料栽培香菇的主要害蟲為螨類及線蟲。在菌筒室內培養期間通常是螨的危害，到后期主要是線蟲。在培養室或是栽培場產生害蟲危害可以噴施高效低毒農藥。