給農作物施用微生物農藥有著相當好的效果。與此同時，對微生物農藥的重視程度也會越來越高，在使用微生物農藥的時候必須需要注意施用誤區，避免降低微生物活體的作用。
一、在干燥天氣的情況下不適宜發揮微生物農藥的效果。比如在晴天上午十時到下午四時前溫度很高干燥的天氣情況下施用，效果會非常長差。這是因為環境濕度不充足而引起。例如白僵菌，它是真菌殺蟲劑，制劑主要包含有白僵活孢子，在施用之后通過直接接觸害蟲的蟲體，或是在用物上被害蟲吃入到消化道，在一定的條件下孢子將會萌發，在害蟲體內繁殖，從而產生白僵菌素等，終導致害蟲慢慢死亡。所以選擇陰雨天施用或是在早晨等潮濕的情況下施用。
二、在氣溫過低的時候應用微生物農藥是錯誤的施用方法。許多農民朋友在用藥時對于環境因素的影響不是很了解，并沒選擇在溫度高的情況下施用，而是選擇在寒冷的冬天以及早春的天氣條件下進行施用，因此不會達到理想中的防治效果。這是由于，在施用生物農藥的時候要求比較高的氣溫。
三、在比較強烈太陽光下施用微生物農藥也是不對的。若是在高溫、強太陽光的中午施用藥劑，會造成藥劑效果的降低。微生物活體農藥，忌怕強太陽光的照射。太陽光中的紫外線對芽孢有著非常大的殺傷能力，并且紫外線的輻射對伴孢晶體還可能會產生變形降低效果作用，所以選擇在下午4時之后或是陰天使用，這樣效果會大大發揮。
四、不能再大雨之前施用微生物農藥，由于在大雨沖刷后，藥效會大大降低。芽孢害怕被大暴雨沖刷，這是由于暴雨會把噴施的菌液給沖刷掉。
五、微生物農藥與殺菌劑不可以進行混用。比如塊狀耳霉菌，它是一種真菌殺蟲劑，藥劑效果會經過塊狀耳霉菌的活孢子作用來實現作用的的。在施用后活孢子會侵染蚜蟲使其死亡，可繼續傳染，造成群體大量死亡。但是作為一種活體真菌，若是和殺蟲劑戶必須辦法混用，它們已經被殺菌劑消滅掉，自然也會喪失殺蟲效果。