在許多的防治措施中，采用化學藥劑是卵菌病害主要的手段。科學的施藥是卵菌病害有效的技巧。
一、首先，需要掌握啥樣的制劑對卵菌類病害有很好的效果。
1、通常保護性制劑有銅劑、硫制劑以及取代苯中達科寧成份，它們都具有很好的保護能力，可以抑制病菌再次侵染過程，而且不容易出現抗藥性，而它的缺點是對潛入植物組織中的病害效果不是很好。在這類制劑中以取代苯中的達科寧保護性是的，但是該類制劑除了銅劑之外，通常和內吸劑作為復配，比如除清，是由進口的甲霜靈和達科寧進行復配而支撐，強強組合，是小妹霜霉疫病的殺手。
2、內吸劑
（1）有機磷內吸性三乙磷酸鋁。此類制劑的內吸傳導是雙向的，可以被作物的根部吸收朝著植株上部莖葉進行傳導，也可以被植株上部的葉片吸收利用之后向基部葉片進行傳導，通常和硫制劑復配混劑為主，例如農歌等？捎行л^多的卵菌類病害。
（2）霜脲腈類殺菌劑。該類對霜霉菌、疫霉菌有著很好的效果，和其它類殺菌劑沒有交互抗性，通常和代錳作混劑為主，但是在市場上農藥生產廠家比較多，應該選用加工質量比較好的產品才可以體現比較好的防治效果。
二、在用藥的時候尤其是需要注意輪換用藥，不可以由于某個品種一次防治效果比較而一直使用，防止產生抗藥性，尤其是內吸劑的使用。
三、在使用的時候，某些品種可以與葉面噴施結合以及根部灌根結合，以增強防治效果。例如黃瓜疫病，煙草黑脛病施用霜撲800倍進行灌根，并結合對中心病害植株的四周的黃瓜進行噴霧，防治效果更好。
四、卵菌大部分是生活在水中或是適度比較大的土壤中，部分較高等接近陸生的卵菌通常是寄生在高等作物體內。所以，卵菌具有一個共同的特征是“親水疏油”。這樣在選擇農藥劑型的上，水劑、水乳劑、水分散粒劑、懸浮劑以及卵菌有著更好的親合性，更適宜防治卵菌病害的防治。