在農業生產過程中，合理施用微生物農藥我們需要避免出現如下五點：
、禁止在氣溫很低的條件下進行施用。出現某些農戶在施用微生物活體農藥的時候，忽略掉周圍的環境條件，不去選在溫度比較高的天氣環境下施用藥劑，而是選擇在嚴寒的冬季以及早春寒冷的天氣環境下進行施用，所以不會達到應有的防治效果。主要是因為施用生物農藥時需要氣溫比較高才能起到應有的效果。根據試驗說明，若是在在25攝氏度到30攝氏度之間施用時，在噴施之后的微生物活體農藥效果將會比在10攝氏度到15攝氏度之間施用的高出1-2倍。
第二、避免在周圍環境比較干燥情況下施用。如果在晴天的上午10時到下午4時前等溫度較高空氣較干燥的天氣條件下施用，將達不到有效地防治效果。效果達不到的主要是由于環境濕度沒有達到所致。所以，施用的時候選擇在陰雨天下進行或者是早晨等濕度比較大的時候。
第三、禁止在強太陽光下施用。若是在溫度高、太陽光為強烈的的中午進行施用，將會造成藥效降低。微生物活體的農藥，忌怕太陽光強烈的照射。因為太陽光中的紫外線會對作物的芽孢造成致命性的的殺傷功能，并且紫外線的輻射還將會對伴孢晶體產生變形降低效果的作用，所以選擇在每天的下午4時之后或者陰雨天下施用，這樣的效果會發揮的更好。
第四、防治在施用之后遭到大雨的沖刷。芽孢怕被大暴雨沖刷，由于暴雨會把噴施的藥劑沖刷干凈。若是在噴施之后的5-6小時遇到小雨，這樣不僅不會使藥效降低，反而還能夠提升防治效果的作用，是由于降小雨會對芽孢發芽極大地幫助，一旦害將其藥劑蟲食后之后就會加快害蟲的死亡。因此我們需要根據天氣預報來確定施用時間。