番茄的根系變成了黃褐色甚至黑色的是西紅柿的根腐病，植株莖上長出小疙瘩且莖的髓部變空、變黑的是細菌性髓部壞死病。一定要使用農藥進行處理，否則將會造成不可挽回的危害。
西紅柿根腐病主要危害根部，發病初期主要是主根和莖基部產生褐斑，后逐漸擴大凹陷，嚴重時主根變褐腐爛，不長新根，導致地上部逐漸枯萎。
該病借水流傳播蔓延，進行再侵染。西紅柿細菌性髓部壞死病發病初期植株上部葉片萎蔫，病莖表面生“小疙瘩”，后再逐漸長出不定根，縱剖病莖可見髓部變成黑色或出現壞死，維管束褐變，這些病變多發生在植株外部無病變的地方，造成植株枯死，濕度大時菌膿從莖傷口和不定根溢出。病菌多從整枝傷口處進行侵染，并通過水流、農事操作等傳播蔓延。
根據這兩種病的發病規律，建議以后在定植西紅柿前要對土壤進行消毒，翻地前畝用美派安500克和多寧1000克均勻撒施，栽培管理過程中要平衡施肥、小水勤澆，切忌大水漫灌。發病初期要及早拔除病株，同時將病株根部的土挖走再撒些多寧進行消毒，注意先不要澆水，可以選用美派安800倍液+多寧600倍液或甲基硫菌靈800倍液+多寧600倍液或惡霉靈1500倍液+金雷多米爾800倍液+葉枯唑1500倍液等進行灌根，每5-7天灌藥一次，連續灌藥2-3次。也可在定植時把上述藥劑使用到定植穴里，定植穴里使用藥劑時要把農藥與土混拌均勻，防止發生藥害。