微生物菌肥施用有講究，不能與一些特定的肥料或農藥混合使用，否則會影響微生物菌肥的效果。
微生物菌肥里的微生物容易受到化學物質的毒害，因此像硫酸鉀之類的含硫肥料不要和微生物菌肥一起使用。微生物軍費單獨使用，避免和其他化學性質的肥料和農藥進行混合使用，那樣只會勞民傷財。
殺蟲劑、殺菌劑、除草劑。草木灰、未腐熟的農家肥都含有高濃的化學物質，因此要和微生物菌肥岔開使用。正確的方法是：在施用過微生物菌肥后，根據說明書上要求的間隔天數，過一段時間再施用其它肥料或殺菌劑、殺蟲劑等。生物菌肥做基肥埋在土壤中使用，這樣葉面噴施農藥時不致殺死菌肥中的有益菌，才能有好的效果。有些菜農在上茬蔬菜使用了滅線藥如溴甲烷、棉隆、阿維菌素等，這些農藥在土壤中會殘留，短時間內分解不，會使下茬蔬菜使用菌肥的效果大大降低。